A côté des pavillons nationaux arborés par les navires lorsqu'ils sont au port (pavillon du pays armant le navire et pavillon du pays d'accueil), ceux-ci oeuvent aussi fièrement porter en haut de leurs mâts un pavillon de compagnie, encore appelé pavillon d'armateur (house flag en anglais).
Mais il existe un autre type de pavillons, également en étoffe, au nombre d'une quarantaine : les pavillons du Code international des signaux (code flag ou signal flag). Ils sont hissés en haut des mâts (en une ou plusieurs drissées) dans des situations particulières rappelées ci-dessous : ce peut-être un "pavillon de pilote" (pilot flag), un "pavillon de matières explosives" (powder flag), ou "un homme à la mer" (man overboard) et autres signaux de détresse (distress signal), voire... "pavillon de quarantaine" (yellow flag ou quarantine flag) ! Plus généralement, ce code comprend des signaux d'aide à la navigation (manœuvres, dispositif de séparation de trafic), des signaux d'urgence (avaries, accidents, détresse) et des signaux divers (personnes à bord, santé, cargaison, météo, etc.).Lorsque plusieurs pavillons doivent être hissés, chaque drissée (ou groupe de drissées) doit rester flottante jusqu'à ce que le destinataire ait répondu.
Cet International Code of Signals comprend les vingt-six lettres de l'alphabet (26 pavillons carrés dits "pavillons alphabétiques"), dix flammes numériques, une flamme de réponse et trois substituts (triangulaires). C'est un moyen international codé de communication à la mer. A côté des pavillons rappelés ci-dessous, il existe évidemment une forme codée lumineuse (et une forme sonore - Morse - moins utile avec les nouvelles technologies de communication). L'ensemble du code international des signaux utilise les lettres/chiffres ci-dessous ou une combinaison (deux ou trois symboles). Pour plus d'informations, consulter l'ouvrage (N° 32) édité par le SHOM : Code international des signaux.